Dans le cadre de l'obligation d'information des acquéreurs et locataires, les risques majeurs auxquels la commune de Mouthe est exposée sont les suivants :
le risque sismique :zone 3 (sismicité modérée) (Décrets n°2010-1254 et 2010-1255 du 22 octobre 2010)
le risque d'inondation : PPRI du Doubs amont approuvé le 1er juin 2016 (note de présentation, règlement, cartographie des aléas et du zonage réglementaire du PPRI du Doubs amont)